科學施用肥料首先要以上述4個施肥理論為基礎，以高產、優質、高效、無污染、改良培肥土壤為目標，不僅要根據肥料的性質、作物營養的特點，而且要考慮土壤肥力、栽培制度（地膜覆蓋下的科學施肥、不同輪作制度和間作套種的科學施肥）、灌溉與施肥相結合等因素。

根據對作物的有效性可將土壤養分分為速效養分、緩效養分和無效養分；根據在土壤中的存在形態可將土壤養分分為水溶態、交換態、礦物態和有機態。